Na de capitulatie in mei ’40 was Meijer al snel betrokken bij het eerste, prille verzet, dat ontstond. Hij was lid van het Geuzenvendel te Maassluis, met onder andere Jacques Boezeman en Aad Brijs en kreeg contacten met Vlaardingen en Rotterdam. In de loop van de tijd waren dat onder meer: Theo Vlug, Tom Mus, Theo, Rob, Mackaay, Paul en Witte Bram, ook wel ‘Nico van Aalst’. Bij spionagewerk op Rozenburg werd Meijer al in 1940 door de Duitsers gearresteerd. Door een list wist hij zich te laten overgeven aan de Nederlandse politie en er met een boete af te komen. Na de oorlog werd hij ter zake officieel gerehabiliteerd. Na de arrestatie van het grootste deel van de Vlaardingse en een aantal Maassluise Geuzen, zamelde hij gelden in ten behoeve van de achtergebleven familieleden. Hij droeg deze maandelijks af aan Ds. van Garderen, die voor een passende besteding zorgdroeg. Voor de spionagedienst te Rotterdam verrichtte hij vervolgens, tot ver in 1944 toe, zeer riskant spionagewerk. Zo bracht hij de Duitse verdedigingswerken in kaart langs beide zijden van het Scheur, van de Oranjesluis tot Vlaardingen. Regelmatig werden deze gegevens door hem geactualiseerd, geassisteerd door zijn zoon Jack Meijer, die dit werk later overnam.
Inmiddels was Meijer in 1941 door zijn werkgever, Dirkzwager had tijdens de oorlog uiteraard voor telegrafisten geen werk, uitgeleend aan de distributiedienst van Maassluis en omstreken. Dat gaf hem de gelegenheid stempels en papieren te bemachtigen, die het mogelijk maakten diverse mensen in de Noordoostpolder en elders te laten onderduiken, in plaats van in Duitsland te gaan werken. Op listige wijze zag hij kans om, wat de bezetters ook verzonnen, toch steeds weer grote hoeveelheden stam- en bonkaarten ‘door te draaien’ ten behoeve van het steeds groeiende leger onderduikers, zonder dat het ontdekt werd. Hij deed dit werk in opdracht van P. Doelman (Oom Piet) K.P.-leider en later districtscommandant Vlaardingen-Westland. Hij voorzag de K.P. ook regelmatig van tabaks-, schoen- en fietsbanden- en rijwielbonnen.
Een bemoeilijkende factor voor Meijers illegale activiteiten was het feit dat hij, direct na zijn arrestatie en vrijlating in november 1940, inkwartiering kreeg van Duitse militairen. Zelfs in eigen huis moest hij daarom steeds op zijn hoede zijn. De eerste ingekwartierde was ‘Herr Glosen’. Kort na zijn komst verdween hij enkele weken spoorloos, met achterlating van het merendeel van zijn eigendommen. Plotseling keerde hij terug, opvallend down. Hij bleek met enkele duizenden collega’s met omgebouwde rijnaken via de Noordzee naar het Kanaal te zijn gevaren. Waarschijnlijk was dat een Duitse invasie-oefening, echter een weinig geslaagde. Volgens zijn relaas hadden de Engelsen, met benzine, de zee rond de provisorische landingsvaartuigen in vlam gezet. Veel schepen en bemanningsleden waren verloren gegaan. In mei 1941 verdween Glosen onverwacht met zijn spullen definitief, waarschijnlijk op weg naar Rusland.
Binnen 14 dagen kondigde zijn opvolger zich aan, ‘Herr Hertlein’, een fanatieke Pruisische marineman, opgegroeid in de Hitlerjugend. Zijn indringende aanwezigheid en zijn voortdurende behoefte de Duitse ideologie op zijn directe omgeving over te brengen, wekten grote irritatie. Meijer kon zich echter geruime tijd redelijk beheersen, doch op 3 oktober 1941 barstte de bom. Hertlein zette de radio aan, waar Hitler een brallende rede hield. Meijer draaide prompt de knop om, waarna Hertlein hem weer aanzette. Meijer heeft toen uiteengezet hoe een echte Nederlander over Duitsland en de Führer dacht. Hertlein verdween naar ‘Mutti’ aan de Kerkweg in Maasland en bleek sportiever dan gevreesd werd; er verscheen althans geen Duitse politie. Wel was Meijer daarna blijvend van inkwartiering af.
Tegen Pasen 1944 hielp hij de ‘kraak’ van het distributiekantoor te Maassluis voor te bereiden, hij kende het gebouw tenslotte als zijn broekzak. Een riskant karwei, dat een grote hoeveelheid bonkaarten opleverde. Vlak na het uitbreken van de spoorwegstaking heeft hij drie avonden achtereen ingebroken in het verzegelde N.S.-station te Maassluis, waar hij het voor uitbetaling van de salarissen gereedliggende geld, plus een hoeveelheid bescheiden e.d. in veiligheid bracht. Na de oorlog kreeg hij hiervoor een onderscheiding. Inmiddels had hij in Maassluis een stootgroep van uiteindelijk ca 60 man gevormd en geïnstrueerd op wapens. In september 1944 werd hij dan ook benoemd tot plaatselijk commandant van de B.S. De wapens en andere materialen waren eerder opgeslagen in de kluis van de Nutsspaarbank en in een pakhuis aan het Zandpad. Om veiligheidsredenen werd de kluis na enige tijd verruild voor een baarhuisje op de Algemene Begraafplaats. Het vervoer van het gevaarlijke materiaal vond plaats met een bakkerskar van Eijsberg. Meijer beschikte over een vrij goed werkend systeem, dat waarschuwde als er een razzia op komst scheen. Enkele malen konden daardoor in dergelijke gevallen jongelui worden ondergebracht in kerken (Chr. geref. kerk en Protest. Bond), pakhuizen, schepen, et cetera, zodat ze de dans ontsprongen. Er werd overigens ook wel eens ten onrechte gewaarschuwd, misschien was in die gevallen het voornemen tot een razzia niet uitgevoerd.
Enkele malen wist Meijer ternauwernood aan arrestatie te ontkomen. Zo wist hij na een schietpartij aan de Weverskade te ontsnappen, doordat de Heer I. Prins in de Tulpstraat, hem door zijn voordeur naar binnenliet, daar leende hij een overall, pet en bril en daarmee vermomd werd hij de achterdeur uitgelaten.
Eenmaal werd hij zelfs opgepakt, waarbij de daarbij betrokken Duitser zijn legitimatie (ten onrechte) wel vertrouwde, doch de assisterende Nederlandse politieagent niet. Deze laatste zag in hem, ondanks vermomming, de Heer Koen Meijer. Omdat vermoeden op juistheid te testen, belden Duitser en Nederlandse agent, met Jan de Bruin, dan wel met Koen Meijer, tussen zich in, aan op Meijers adres: Van der Horststraat 25. Mevrouw Meijer deed open en werd overvallen met de mededeling: “We komen u uw man brengen”. Met enorme tegenwoordigheid van geest antwoordde zij: “wanneer brengt u hem dan?” Antwoordt: “Maar hier is hij toch” en repliek “Maar die mijnheer ken ik niet”.
Op het politiebureau teruggekeerd ging de Duitser zijns weegs en even later kon ook de Bruin/Meijer gaan, vrij! Op 7 december 1944 viel de S.D. de woning van Meijer binnen. Hij wist via de achterdeur te ontkomen en de huiszoeking die de volgende dag nog eens werd herhaald, leverde niets belastend op. Meijer ontsnapte naar de Poelwoning (Joost de Jong) in Maasland, van waaruit hij de volgende dag al zijn contacten met de Maassluise en Maaslandse illegaliteit herstelde. Op 12 december 1944 overviel de S.D. de Poelwoning, doch weer wist het wild de jagers te ontsnappen. Door de polder en diverse poldersloten, de vlieten en de Vlaardingervaart (hartje winter), vluchtte hij naar Vlaardingen, waar hij in het huis van dokter Birnie aan de Schiedamseweg, onderdak kreeg. Arie v.d. Vaart, van de K.P. Westland, die die middag met Meijer een afspraak had, wilde net van de Molenweg de brug naar de Poelwoning op fietsen, toen de auto’s van de S.D. daarheen reden. Bij de watermolen heeft hij de gang van zaken afgewacht en besloot, toen een uur later de S.D. weer was vertrokken, poolshoogte te gaan nemen. Met de heer de Jong inspecteerde hij het onderkomen van Meijer, met inbegrip van de niet ontdekte geheime schuilplaats, op belangrijke zaken. Diezelfde middag nog leverde hij het gevondene af in Vlaardingen, bij Theo Vlug op de Verkadesingel.
Net enigszins op zijn verhaal gekomen vertrok Meijer tien dagen later naar Rotterdam, waar hij een onderkomen vond bij de antiquair Vaarties. Op 1 februari 1945 waagde hij het een nacht thuis te overnachten, wat hem bijna noodlottig werd. Ook nu had de S.D. echter geen succes. Meijer wist weer, via balkon en achtertuin te ontsnappen, ditmaal naar Voorburg, Agrippinestraat 33. Inmiddels had de districtscommandant Vlaardingen-Westland, omdat terugkeer van Meijer naar Maassluis voorshands niet mocht worden verwacht, een nieuwe commandant voor de B.S. van Maassluis benoemd, te weten Jaap Luijendijk. Meijer was er echter de man niet naar werkloos op zijn onderduikadres te blijven zitten. Via een oude bekende uit de Rotterdamse illegaliteit, ‘Witte Bram’/ ‘Nico van Aalst’, echte naam Bram de Jong, inmiddels ook naar Den Haag uitgeweken en mevrouw van Rees uit Voorburg, wist hij contact te leggen met de Voorburgse illegaliteit.
In zeer korte tijd wist hij daar, samen met Nico, een grote stootgroep te formeren. Een voordeel daarbij was, dat hij in Voorburg zeer goed bekend was, omdat zijn vrouw en familie daar vandaan kwamen. Ook in Voorburg instrueerde hij de manschappen op stengun, pistool, bazooka, handgranaat, springstof en dergelijke. Echt schieten kon beoefend worden in een grote schuilkelder van de Enkes, een toen naast de huidige Starlift gelegen fabriek. Na werktijd kon tot spertijd van die geluiddichte ruimte gebruik worden gemaakt. Zes dagen voor de capitulatie werd Meijer nogmaals door de S.D. in het nauw gebracht. Via het Voorburgse zwembad, waarvan hij de sleutels had, wist hij ook ditmaal aan het langste eind te trekken. De nieuwe knokploeg, Stootgroep III van het storm- commando Strijdend gedeelte der B.S. te ‘s-Gravenhage en omstreken, vertrok enkele dagen voor de capitulatie uit Voorburg naar Den Haag, uiteraard in het grootste geheim. Daar werd het ministerie van Marine aan het Lange Voorhout betrokken, recht tegenover de Duitse Ortskommandantur. Reden voor deze uiterst riskante operatie was, dat in het diepste geheim besprekingen waren geopend over een mogelijke Duitse capitulatie en men vreesde dat de fanatieke Duitse Ortskommandant en zijn garnizoen de wapens niet zouden willen neerleggen. De prikkeldraadversperring voor de Ortskommandantur liep midden over het Voorhout en had recht voor het door Stootgroep III betrokken Ministerie de ingang. Vanuit het Ministerie kon die uitgang dus onder vuur worden gehouden, daarmee de Ortskommandant in zijn eigen gebouw vastzettend. Uiterst gevaarlijke en spannende dagen.
Enkele weken na de bevrijding werden uit de verschillende stootgroepen uit Den Haag en omgeving drie normale legercompagnieën gevormd. Meijer werd commandant van de tweede compagnie in de rang van Kapitein. Toen de drie compagnieën later tot twee werden teruggebracht, werd hij ook plaatsvervangend commandant van het Strijdend Gedeelte der B.S. in het Gewest XIIIA (Den Haag en omstreken). Iets later werd hij met de waarneming van de functie Commandant Strijdend Gedeelte belast. Op 19 juli 1945 kreeg hij eervol ontslag. Na ampele overweging verkoos hij een functie als chef van een radiopeil en zendstation van de marine in Hoek van Holland, boven een post in de staf van Prins Bernhard.
Hoewel af en toe op het kantje af mocht Meijer de bezetting overleven. Blij, maar met vele vrienden uit het verzet teleurgesteld over de net naoorlogse ontwikkelingen. Lichamelijk en geestelijk hadden de oorlogsjaren (te) veel van hem geëist, wat uiteindelijk tot invaliditeit en afkeuring leidde. Hij is nooit meer de oude geworden, wat helaas eveneens voor tal van zijn verzetscollega’s gold.